23 juin 2021 Montpellier (France)

Workshop sur la recherche reproductible

Nous vous proposons un mini-workshop d'une demi-journée sur la recherche reproductible le mercredi 23 juin de 9h à 12h30, en ligne par visio-conférence.

L'objectif de cet événements est de sensibiliser la communauté aux enjeux de la recherche reproductible [1] en 2021 ainsi qu'aux implications sur l'organisation de nos activités de recherche et aux avantages pour améliorer la qualité de nos travaux.

Ce mini-workshop est co-organisé par :

- le réseau Montpellier Bio-Stats (https://groupes.renater.fr/wiki/montpellier-biostat)
- l'initiative clé Muse (KIM) "Data & Life Science" (https://muse.edu.umontpellier.fr/key-initiatives-muse/data-life-sciences/)
- l'Institut de Science des Données de Montpellier (https://isdm.umontpellier.fr/)
- le groupe inter-direction sur la science ouverte à l'Université de Montpellier (https://bibliotheques.edu.umontpellier.fr/science-ouverte/)

L'inscription est gratuite mais obligatoire.

Le lien pour la visio-conférence vous sera communiquer par e-mail.

Voici le programme :

- 8h45 - 9h00: accueil

- 9h00: introduction par Arnaud Legrand (LIG), 45 minutes : "Crise de la reproductibilité et Science ouverte" (présentation1)

- 9h45: Équipe Montpellier-BioStats (MBS), 45 minutes : bonne pratiques et info utiles pour la recherche reproductible (presentation2)

- 10h30: Julien Chiquet (Inrae), 15minutes : présentation de Computo (https://computo.sfds.asso.fr/), nouveau journal de la Société Française de Statistiques (SFdS), "un journal ouvert avec des contributions reproductibles" (presentation3)

- 10h45: 15min pause

- 11h00: Loïc Desquilbet (École Vétérinaire Alfort), 15 minutes : reproductibilité pour la recherche en biométrie (mise en garde sur l'usage des p-values) (presentation4)

- 11h15: Nicolas Barrier (IRD MARBEC), 15 minutes : retours d'expérience, gérer ses codes numériques via GitHub et Zenodo (a chaque nouvelle "release" du code, Zenodo génère automatiquement un nouveau DOI), exemple https://github.com/ichthyop/ichthyop (presentation5)

- 11h30: Thomas Moreau (Inria), 15 minutes : easy and reproducible optimization benchmark with Benchopt (https://benchopt.github.io/) (presentation6)

- 11h45: Équipe MBS, 15 minutes : reproductibilité en R (presentation7)

- 12h00: Équipe MBS, 15 minutes : reproductibilité en Python (presentation8)

- 12h15 - 12h45: discussion

 

Les exposés se feront en français.


Référence :

[1] Desquilbet, Loïc, Sabrina Granger, Boris Hejblum, Arnaud Legrand, Pascal Pernot, et Nicolas P. Rougier. Vers une recherche reproductible : Faire évoluer ses pratiques. Bordeaux : Urfist de Bordeaux, 2019. ISBN : 979-10-97595-05-0 ; https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02144142 et https://github.com/rr-france/bookrr (version web disponible en ligne)

Personnes connectées : 1